หน่วยงานตรวจสอบภายในอยู่ภายในโครงสร้างการบริหารของสำนักงานเลขานุการ สำนักงานอธิการบดี ตามระเบียบสภามหาวิทยาลัย ว่าด้วยการจัดตั้งและดำเนินงานสำนักงานเลขานุการสำนักงานอธิการบดี พ.ศ. 2552 ซึ่งดำเนินงานด้านการบริหารความเสี่ยง งานสารนิเทศเกี่ยวกับการบริหารความเสี่ยง การตรวจสอบภายในและปฏิบัติงานด้านธุรการและเลขานุการให้กับคณะกรรมการตรวจสอบภายใน
ต่อมามหาวิทยาลัยเห็นสมควรแยกหน่วยงานตรวจสอบภายในจากเดิมที่เป็นภารกิจงาน สํานักงานเลขานุการ สํานักงานอธิการบดี ให้เป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่ออธิการบดี เพื่อให้เป็น หน่วยงานที่ช่วยตรวจสอบ ติดตามและประเมินผลการปฏิบัติงานของส่วนราชการต่างๆในมหาวิทยาลัย ซึ่งเป็นไปตามระเบียบคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วยการปฏิบัติหน้าที่ของผู้ตรวจสอบภายใน พ.ศ. ๒๕๔๖ และตามข้อ ๖ แห่งระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. ๒๕๕๑
หน่วยงานตรวจสอบภายใน มีฐานะเทียบเท่างาน ขึ้นตรงต่ออธิการบดี แบ่งส่วนราชการภายใน ดังนี้
1. หน่วยบริหารทั่วไป
2. หน่วยตรวจสอบ
3. หน่วยติดตามและประเมินผล